Tout a commencé avec l'exposition universelle de 1894 où les HCL avaient exposé un certain nombre d'objets médicaux.
Puis, le musée Gadagne ouvrit quelques salles afin de présenter de façon continue ces objets et œuvres d'art au grand public.
Mais ce fut la démolition de l'hôpital de la Charité en 1934, dont plusieurs salles étaient classées, qui allait accélérer les choses. De plus, le musée Gadagne manquait cruellement de place...
A l'origine, le musée, qui abrite de nombreuses collections, devait occuper les quatre branches du bâtiment du XVIIème siècle. Mais il ne s'installa finalement que dans les ailes Est et Sud. La salle située au levant a été aménagée seulement dans les années 1970. Elle présente notamment la reconstitution d'un lit à quatre places ainsi que celle d'une cellule d'aliéné.
c'est dans cet espace du musée que se trouve également la partie médicale avec divers instruments exposés par discipline, et du mobilier, comme une table d'opération.
Dans la reconstitution de l'apothicairerie de l'Hôtel-Dieu on découvre de nombreux objets liés à la pharmacie : la table à sirops ou l'alambic, ou bien encore l'appareil à faire des gélules. 75% de ces objets proviennent de l'hôpital, le quart restant vient de donations et de legs.
l'importance de l'école médicale lyonnaise est reconnue internationalement et le musée témoigne de toutes les évolutions dont elle a souvent été à l'origine.
Dans l'autre branche, où les œuvres d'art sont exposées, la salle du Conseil d'administration de l'hôpital de la Charité a été reconstituée à l'identique avec ses boiseries et sa magnifique cheminée en marbre. Elle sert d'écrin à de superbes meubles en marqueterie, de nombreux tableaux, des sculptures, des tapisseries. Les grandes armoires XVIIIème appartenaient à l'Hôtel-Dieu, elles servaient à ranger le linge.
Puis, en enfilade se trouve la salle des archives et l'apothicairerie provenant également de l'hôpital de la Charité. Quant au fameux crocodile qui donna son nom au bulletin des internes c'est en fait un ex-voto qui se trouvait à l'origine dans la chapelle du Saint-Esprit sur le pont du Rhône. Installé dans le grand Dôme lors de la destruction de celle-ci, son déplacement dans le musée l'a sauvé de l'incendie destructeur de 1944.
Parmi tous ces trésors le musée possède une des plus importantes collections de faïences de France avec près de 1200 pièces de grande qualité issues de différentes manufactures françaises et européennes.
Cette collection se compose de faïences civiles avec des assiettes, des plats, mais surtout de faïences pharmaceutiques.
Depuis cette année, le musée a rejoint le réseau des Hôtels-Dieu et des Apothicaireries de Bourgogne, Franche-Comté et Rhône-Alpes composé d'une vingtaine de sites.
Le musée situé dans le cœur historique de l'Hôtel-Dieu, tout proche de la chapelle, présente un magnifique témoignage de l'histoire médicale hospitalière lyonnaise. Mais son rôle est d'une plus grande ampleur.
Il raconte tout simplement la vie de cette vénérable institution et de tous ceux et celles qui l'ont fait vivre ou qui ont vécu grâce à elle, administrateurs, médecins, sœurs hospitalières, donateurs, enfants abandonnés, blessés de guerre, malades ou indigents.
Le musée de l'Hôtel-Dieu doit continuer à remplir sa mission afin d'éviter que toute une partie de notre histoire ne tombe dans l'oubli. La grande histoire, celle de la vie humaine et de son importance au cours des siècles, dans ce qu'elle a de plus fragile et de plus éphémère mais également dans ce qu'elle a de plus beau, l'art, la compassion et la charité envers tout homme souffrant, aujourd'hui comme hier...